Địa bàn xã Phúc Khánh hiện nay trước đây vốn là hai xã Long Phúc và Long Khánh thuộc huyện Bảo Yên.

Trước khi sáp nhập, xã Long Khánh có diện tích 56,45 km², dân số là 3.230 người, mật độ dân số đạt 57 người/km². Xã Long Phúc có diện tích 24,29 km², dân số là 1.906 người, mật độ dân số đạt 78 người/km².

Ngày 11 tháng 2 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 896/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện, cấp xã thuộc tỉnh Lào Cai (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 3 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của hai xã Long Phúc và Long Khánh thành xã Phúc Khánh.